Ο Στέλιος Αχνιώτης κατάγεται από το Καλό Χωριό Σολέας. 

Φοίτησε τέσσερα χρόνια στο Γυμνάσιο Ευρύχου, ένα στη Θεσσαλονίκη και αποφοίτησε από το Γυμνάσιο Πεδουλά (1976). 

Σπούδασε Πολιτικός Μηχανικός στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (1984).  Μετά από μεταπτυχιακές σπουδές στο Πανεπιστήμιο του Manchester – UMIST (ΗΒ) απέκτησε τον τίτλο M.Sc in Construction Project Management  (1996) με εξειδίκευση στις εναλλακτικές μεθόδους επίλυσης διαφορών (ΑDR).

Από το Νοέμβριο 1997 εργάζεται στο Πανεπιστήμιο Κύπρου και είναι Υπεύθυνος του Τομέα Κατασκευών και Διεύθυνσης Έργων στις Τεχνικές Υπηρεσίες και Γραφείο Ανάπτυξης Πανεπιστημιούπολης.

Είναι ιδρυτικό μέλος του Συλλόγου Πολιτικών Μηχανικών Κύπρου με πολύχρονη συμμετοχή στο ΚΔΣ.  Διετέλεσε ΓΓ και για τρεις διετίες πρόεδρος του Συλλόγου.

Διετέλεσε μέλος του Συμβουλίου της Μικτής Επιτροπής Δομικών Συμβολαίων Κύπρου (ΜΕΔΣΚ) για σειρά ετών.

Από το 1999 είναι μέλος του Γενικού Συμβουλίου και της Διοικούσας Επιτροπής του ΕΤΕΚ, όπου, κατά την περίοδο 2005-2011 κατείχε τη θέση του Γενικού Γραμματέα.  Εκπροσώπησε το ΕΤΕΚ στο Παγκύπριο Συμβούλιο Ασφάλειας και Υγείας για σειρά ετών.  Διετέλεσε Πρόεδρος του ΕΤΕΚ για την τριετία 2011-2014. Από τον Ιούνιο 2014 επανεξελέγη Πρόεδρος του Επιμελητηρίου για τριετή θητεία.

Είναι εγγεγραμμένος πραγματογνώμων και διαιτητής στο ΕΤΕΚ.

Για τη διετία 2016-2018 εξελέγη Μέλος της Ελεγκτικής Επιτροπής του Συμβουλίου Ευρωπαϊκών Τεχνικών Επιμελητηρίων.

Του αρέσει το σκάκι, η κλασσική μουσική, το ελληνικό τραγούδι. Απεχθάνεται το ψέμα και την αδικία. Πόθος του η απελευθέρωση της Κύπρου.

Είναι πατέρας δύο παιδιών.