Σωρεία προβλημάτων αντιμετωπίζουν οι Σχολικές Εφορείες, μετά από τη εφαρμογή της μεταρρύθμισης της Τοπικής Αυτοδιοίκησης, σύμφωνα με τα όσα προκύπτουν από τη συνεδρία της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Παιδείας, η οποία εξέτασε το εν λόγω θέμα αυτεπάγγελτα.
Κτιριακές εγκαταστάσεις σε σχολικές μονάδες που στερούνται επαρκών υποδομών, μη επαρκείς προϋπολογισμοί Σχολικών Εφορειών, ώστε να εξασφαλιστούν οι απαραίτητες κτιριακές υποδομές, υποστελεχωμένες Σχολικές Εφορίες τόσο σε γραμματειακό, όσο και σε εργατικό προσωπικό, έλλειψη λογισμικών συστημάτων
